研究組簡介
隨著測序技術的發展以及組學數據的指數型增長,基于數據驅動的植物分子設計育種已經成為植物科學研究中一個重要的手段。本課題組以多組學測序技術/生物信息學作為基礎研究手段,以藥用植物、園藝植物等作為研究對象,探討植物生長發育、環境應答等過程中的遺傳信息傳遞、表達以及調控的分子機制。
研究方向:
1. 基于多組學測序技術的藥用植物、園藝植物關鍵經濟性狀形成的調控分子機制解析;
2. 藥用植物、園藝植物基因編輯技術的應用。
研究組長

| 姓 名: | 黃銘坤 | 研 究 組: | 生物信息學及功能基因發掘 |
|---|---|---|---|
| 職 務: | 研究組長 | 職 稱: | 副研究員 |
| 通訊地址: | 江西省南昌市溪霞鎮溪霞農業園科研中心 | ||
| 郵政編碼: | 330114 | 電子郵箱: | huangmk@lsbg.cn |
| 姓 名: | 黃銘坤 |
|---|---|
| 研 究 組: | 生物信息學及功能基因發掘 |
| 職 務: | 研究組長 |
| 職 稱: | 副研究員 |
| 通訊地址: | 江西省南昌市溪霞鎮溪霞農業園科研中心 |
| 郵政編碼: | 330114 |
| 電子郵箱: | huangmk@lsbg.cn |
學習經歷:
2012年9月-2016年1月 中國科學院華南植物園 博士
2009年9月-2012年6月 華南農業大學 碩士
2005年9月-2009年6月 華南農業大學 學士
工作經歷:
2022年1月-至今 江西省、中國科學院廬山植物園
2018年3月-2021年12月 香港中文大學
2016年3月-2018年2月 北京中藥研究所/北京諾禾致源生物科技公司
獲獎及榮譽:
國家博士獎學金
中國科學院優秀博士論文
研究領域:
1. 植物功能基因組學、生物信息學 (Dry lab);
2. 植物分子生物學、植物基因編輯 (Wet lab);
承擔科研項目情況:
1. 國家自然基金地區面上項目 (主持)
2. 江西省緊缺型人才計劃項目 (主持)
3. 廬山植物園專項基金 (主持)
4. 香港中文大學優秀博士后基金項目 (Impact Postdoctoral Fellowship Scheme of The Chinese University of Hong Kong) (主持)
5. 香港AoE 項目 (Hong Kong Research Grants Council Area of Excellence Scheme, AoE/M-403/16) (參與)
6. 香港羅桂祥基金項目 (Lo Kwee-Seong Biomedical Research Fund) (參與)
7. 中國博士后創新計劃 (BX201600155) 基金項目 (主持)
論文及論著:
1. Zhang L, Yung WS, Huang M# (2022) STARR-seq for high-throughput identification of plant enhancers. Trends Plant Sci 27(12):1296-1297
2. Zhang L, Yung WS, Sun W, Li MW, Huang M# (2022) Genome-wide characterization of Nuclear Factor Y transcription factors in Fagopyrum tataricum. Physiol Plant: e13668
3. Zhang L, Yung WS, Wang Z, Li MW, Huang M# (2022) Optimization of an Efficient Protoplast Transformation System for Transient Expression Analysis Using Leaves of Torenia fournieri. Plants (Basel) 11(16)
4. Huang M, Zhang L, Zhou L, Yung WS, Wang Z, Xiao Z, Wang Q, Wang X, Li MW, Lam HM# (2022) Identification of the accessible chromatin regions in six tissues in the soybean. Genomics 114(3): 110364
5. Huang M, Li MW, Lam HM# (2021) How noncoding open chromatin regions shape soybean domestication. Trends Plant Sci 26(9):876-878.
6. Huang M, Zhang L, Zhou L, Wang M, Yung W-S, Wang Z, Duan S, Xiao Z, Wang Q, Wang X, Li M-W, Lam H-M# (2021) An expedient survey and characterization of the soybean JAGGED 1 (GmJAG1) transcription factor binding preference in the soybean genome by modified ChIPmentation on soybean protoplasts. Genomics 113(1): 344-355
7. Huang M, Zhang L, Zhou LM, Yung WS, Li MW, Lam HM# (2021) Genomic Features of Open Chromatin Regions (OCRs) in Wild Soybean and Their Effects on Gene Expressions. Genes 12(5)
8. Zhang L, Zhou L, Yung WS, Su W, Huang M# (2021) Ectopic expression of Torenia fournieri TCP8 and TCP13 alters the leaf and petal phenotypes in Arabidopsis thaliana. Physiol Plant
9. Huang M, Hu Y, Liu X, Li Y, Hou X# (2015) Arabidopsis LEAFY COTYLEDON1 controls cell fate determination during post-embryonic development. Front Plant Sci 6: 955
10. Huang M, Hu Y, Liu X, Li Y, Hou X# (2015) Arabidopsis LEAFY COTYLEDON1 Mediates Postembryonic Development via Interacting with PHYTOCHROME-INTERACTING FACTOR4. Plant Cell 27(11): 3099-3111
11. Huang M, Ma C, Yu R, Mu L, Hou J, Yu Y, Fan Y# (2015) Concurrent changes in methyl jasmonate emission and the expression of its biosynthesis-related genes in Cymbidium ensifolium flowers. Physiol Plant 153(4): 503-512
12. Wang G, Li X, Shen W, Li M-W, Huang M, Zhang J, Li H# (2022) The chromatin accessibility landscape of pistils and anthers in rice. Plant Physiol
13. Wang Z, Huang C, Niu Y, Yung W-S, Xiao Z, Wong F-L, Huang M, Wang X, Man C-K, Sze C-C, Liu A, Wang Q, Chen Y, Liu S, Wu C, Liu L, Hou W, Han T, Li M-W, Lam H-M# (2022) QTL analyses of soybean root system architecture revealed genetic relationships with shoot-related traits. Theoretical and Applied Genetics 135(12): 4507-4522
14. Xiao Z, Wang Q, Li M-W, Huang M, Wang Z, Xie M, Varshney RK, Nguyen HT, Chan T-F, Lam H-M# (2022) Wildsoydb DataHub: a platform for accessing soybean multiomic datasets across multiple reference genomes. Plant Physiol
15. Yung WS, Wang Q, Huang M, Wong FL, Liu A, Ng MS, Li KP, Sze CC, Li MW, Lam HM# (2021) Priming-induced alterations in histone modifications modulate transcriptional responses in soybean under salt stress. Plant J
16. Wang G, Li X, Ye N, Huang M, Feng L, Li H, Zhang J# (2021) OsTPP1 regulates seed germination through the crosstalk with abscisic acid in rice. New Phytol
17. Sun W, Leng L, Yin Q, Xu M, Huang M, Xu Z, Zhang Y, Yao H, Wang C, Xiong C, Chen S, Jiang C, Xie N, Zheng X, Wang Y, Song C, Peters RJ, Chen S# (2019) The genome of the medicinal plant Andrographis paniculata provides insight into the biosynthesis of the bioactive diterpenoid neoandrographolide. Plant J 97(5): 841-857
18. Hu Y, Zhou L, Huang M, He X, Yang Y, Liu X, Li Y, Hou X# (2018) Gibberellins play an essential role in late embryogenesis of Arabidopsis. Nature Plants 4(5): 289-298
19. Liu X, Hu P, Huang M, Tang Y, Li Y, Li L, Hou X# (2016) The NF-YC–RGL2 module integrates GA and ABA signalling to regulate seed germination in Arabidopsis. Nature Communications 7(1): 12768
研究組員

| 姓 名: | 張玲 | 研 究 組: | 生物信息學及功能基因發掘 |
|---|---|---|---|
| 職 務: | 研究組員 | 職 稱: | 副研究員 |
| 通訊地址: | 江西省南昌市溪霞鎮溪霞農業園科研中心 | ||
| 郵政編碼: | 330114 | 電子郵箱: | zhangl@lsbg.cn |
| 姓 名: | 張玲 |
|---|---|
| 研 究 組: | 生物信息學及功能基因發掘 |
| 職 務: | 研究組員 |
| 職 稱: | 副研究員 |
| 通訊地址: | 江西省南昌市溪霞鎮溪霞農業園科研中心 |
| 郵政編碼: | 330114 |
| 電子郵箱: | zhangl@lsbg.cn |
學習經歷:
2013年9月-2016年6月 華南農業大學 博士 園藝學院果樹學專業
2009年9月-2012年6月 華南農業大學 碩士 園藝學院果樹學專業
2005年9月-2009年6月 武漢科技學院 本科 生物工程專業
工作經歷:
2021年7月-至今 江西省、中國科學院廬山植物園 副研究員 植物功能基因組學研究組
2016年8月-2021年6月 深圳大學 博士后 生命與海洋科學學院植物表觀遺傳課題組
2012年7月-2013年7月 華南植物園 研究助理 植物代謝課題組
任職經歷:
2021年8月-至今 江西省、中國科學院廬山植物園 組員 植物功能基因組學研究組
獲獎及榮譽:
2014年5月 獲2013-2014學年度優秀博士研究生二等獎
2016年5月 獲2015-2016學年度優秀博士研究生一等獎
研究領域:
植物轉錄因子功能研究;植物基因編輯;
承擔科研項目情況:
1. 中國科學院廬山植物園,廬山植物園專項,2021ZWZX31,園藝植物轉錄因子預測及功能分析,2021/12-2023/12,在研,主持;
2. 國家自然科學基金委員會,面上項目,31772322,microRNA399調控番茄缺磷脅迫響應的機理研究,2018/1-2021/12,在研,參與。
論文及論著:
1. Zhang L, Yung WS, Huang M*. STARR-seq for high-throughput identification of plant enhancers. Trends Plant Sci. 2022, 27(12):1296-1297.
2. Zhang L, Yung WS, Wang Z, Li MW, Huang M*. Optimization of an Efficient Protoplast Transformation System for Transient Expression Analysis Using Leaves of Torenia fournieri. Plants (Basel). 2022, 11(16):2106.
3. Zhang L, Yung W, Sun W, Li MW, Huang M*. Genome-wide characterization of nuclear factor Y transcription factors in Fagopyrum tataricum. Physiol Plant. 2022, 174(2):e13668.
4. Huang M, Zhang L, Zhou L, Yung WS, Wang Z, Xiao Z, Wang Q, Wang X, Li MW, Lam HM*. Identification of the accessible chromatin regions in six tissues in the soybean. Genomics. 2022, 114(3):110364.
5. Zhang L, Zhou L, Yung WS, Su W*, Huang M*. Ectopic expression of Torenia fournieri TCP8 and TCP13 alters the leaf and petal phenotypes in Arabidopsis thaliana. Physiol Plant. 2021, 173(3):856-866.
6. Yu H#, Zhang L#, Wang W, Tian P, Wang W, Wang K, Gao Z, Liu S, Zhang Y, Irish VF, Huang T*. TCP5 controls leaf margin development by regulating the KNOX and BEL-like transcription factors in Arabidopsis. Journal of experimental botany. 2021, 72(5):1809-1821.
7. Huang M, Zhang L, Zhou L, Wang M, Yung WS, Wang Z, Duan S, Xiao Z, Wang Q, Wang X, Li MW, Lam HM*. An expedient survey and characterization of the soybean JAGGED 1 (GmJAG1) transcription factor binding preference in the soybean genome by modified ChIPmentation on soybean protoplasts. Genomics. 2021, 113: 344-355.
8. Huang M, Zhang L, Zhou LM, Yung WS, Li MW, Lam HM*. Genomic Features of Open Chromatin Regions (OCRs) in Wild Soybean and Their Effects on Gene Expressions. Genes. 2021, 12(5):640.
9. Peng Z, Wang M, Zhang L, Jiang Y, Zhao C, Shahid MQ, Bai Y, Hao J, Peng J, Gao Y, Su W*, Yang X*. EjRAV1/2 Delay Flowering Through Transcriptional Repression of EjFTs and EjSOC1s in Loquat. Frontiers in plant science, 2021, 12:816086.
10. Su W, Jing Y, Lin S, Yue Z, Yang X, Xu J, Wu J, Zhang Z, Xia R, Zhu J, An N, Chen H, Hong Y, Yuan Y, Long T, Zhang L, Jiang Y, Liu Z, Zhang H, Gao Y, Liu Y, Lin H, Wang H, Yant L, Lin S*, Liu Z*. Polyploidy underlies co-option and diversification of biosynthetic triterpene pathways in the apple tribe. Proc Natl Acad Sci. 2021, 118(20):e2101767118.
11. Jiang Y, Zhu Y, Zhang L, Su W, Peng J, Yang X, Song H, Gao Y*, Lin S*. EjTFL1 genes promote growth but inhibit flower bud differentiation in loquat. Frontiers in plant science, 2020, 11.
12. Zhang L, Jiang Y, Zhu Y, Su W, Long T, Huang T, Peng J, Yu H, Lin S*, Gao Y*. Functional Characterization of GI and CO Homologs from Eriobotrya deflexa Nakai forma koshunensis. Plant cell reports, 2019, 38(5): 533-543.
13. Su W, Yuan Y, Zhang L, Jiang Y, Gan X, Bai Y, Peng J, Wu J, Liu Y*, Lin S*. Selection of the optimal reference genes for expression analyses in different materials of Eriobotrya japonica. Plant Methods, 2019, 15: 7.
14. Jiang Y, Peng J, Zhu Y, Su W, Zhang L, Jing Y, Lin S, Gao Y*. The Role of EjSOC1s in Flower Initiation in Eriobotrya japonica. Frontiers in plant science, 2019, 10:253.
15. Su W, Zhu Y, Zhang L, Yang X, Gao Y, Lin S*. The cellular physiology of loquat (Eriobotrya japonica Lindl.) fruit with a focus on how cell division and cell expansion processes contribute to pome morphogenesis. Scientia Horticulturae, 2017, 224: 142-149.
16. Zhang L, Yu H, Lin S*, Gao Y*. Molecular Characterization of FT and FD Homologs from Eriobotrya deflexa Nakai forma koshunensis. Frontiers in plant science, 2016, 7.
17. Zhou Y, Zhang L, Gui J, Dong F, Cheng S, Mei X, Zhang L, Li Y, Su X, Baldermann S, Watanabe N, Yang Z*. Molecular cloning and characterization of a short chain dehydrogenase showing activity with volatile compounds isolated from Camellia sinensis. Plant Molecular Biology Reporter, 2015, 33(2): 253-263.
研究組員

| 姓 名: | 胡玉芳 | 研 究 組: | 生物信息學及功能基因發掘 |
|---|---|---|---|
| 職 務: | 研究組員 | 職 稱: | 研究實習員 |
| 通訊地址: | 江西省南昌市新建區溪霞現代農業園廬山植物園南昌科研中心 | ||
| 郵政編碼: | 330114 | 電子郵箱: | yufanghu163@163.com |
| 姓 名: | 胡玉芳 |
|---|---|
| 研 究 組: | 生物信息學及功能基因發掘 |
| 職 務: | 研究組員 |
| 職 稱: | 研究實習員 |
| 通訊地址: | 江西省南昌市新建區溪霞現代農業園廬山植物園南昌科研中心 |
| 郵政編碼: | 330114 |
| 電子郵箱: | yufanghu163@163.com |
學習經歷:
2019年9月-2022年6月 福建農林大學 碩士 生物學專業;
2015年9月-2019年6月 蘭州理工大學 本科 生物工程專業。
工作經歷:
2021年11月-至今 江西省中國科學院廬山植物園 研究組員
研究領域:
藥用植物、園藝植物基因編輯
論文及論著:
1. Wang Q, Yu G, Chen Z, Han J, Hu Y, Wang K*. Optimization of protoplast isolation, transformation and its application in sugarcane (Saccharum spontaneum L.). The Crop Journal, 2021, 9(1): 133-142.


